Der Projektbeirat Alpha-E ist vor allem zuständig für die Realisierung der Bedingungen der Region (unter anderem Gesundheitsschutz/Lärmschutz, Verbesserung des Schienenpersonennahverkehrs). Er besteht aus acht Vertretern von betroffenen Kommunen und Landkreisen und acht Vertretern der Bürgerinitiativen und ist unabhängig von Bund, Land und Deutsche Bahn AG. Er sieht sich als Vertreter und Ansprechpartner für Betroffene an Ausbaustrecken und Bestandsstrecken mit zunehmenden Güterverkehren.
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